Светлый фон схемы — естественный выбор по умолчанию, как цвет бумаги в книге. Так проще читать, дешевле печатать, просто привычнее. Светлый плакат со схемой лучше смотрится на светлой же стене вагона.
Тёмный фон по смыслу подходит для схем ночного транспорта, когда его надо сделать явно отличающимися от дневных:
Схема ночных автобусов на остановке в Лондоне
Ночная транспортная сеть Мельбурна. Общественный транспорт Виктории
Ещё его можно взять чисто для понта — на тёмном всё выглядит круче и дороже:
«Схема линий московского метро через сто лет». Студия Лебедева
Нарядная версия нашей схемы метро Санкт‑Петербурга
Насколько я знаю, только у Стокгольма есть одновременно две версии схемы — тёмная и светлая:
И то я до конца не уверен, что они взаимозаменяемы, например цветовое кодирование электричек на них почему‑то разное.